Mengenal Uji PCR pada Udang, Manfaat dan Cara Kerjanya
- Redaktur: Audri Rianto
- 2 jam yang lalu
- 3 menit membaca
Dari dulu sampai sekarang, masalah utama dalam budidaya udang adalah infeksi penyakit. Ketika udang terinfeksi penyakit, maka risiko gagal panennya akan sangat besar. Seiring berjalannya waktu, teknologi sudah semakin canggih. Langkah pencegahan infeksi penyakit di dalam industri budidaya udang juga menjadi lebih mudah.
Sumber: biotechniques.com
Salah satu metode yang sebaiknya dicoba oleh para petambak modern adalah uji PCR. Metode ini menawarkan deteksi dini penyakit secara akurat dan efektif. Metode ini memang belum dikenal secara luas oleh petambak di Indonesia.
Maka dari itu, artikel kali ini akan membahas mengenai apa itu PCR, manfaat dan cara kerjanya.
Apa Itu Uji PCR pada Udang?
PCR (Polymerase Chain Reaction) sebenarnya termasuk ke dalam teknik biologi molekuler yang digunakan untuk mendeteksi adanya DNA atau RNA patogen penyakit pada udang.
Patogen di sini meliputi bakteri, virus maupun parasit yang selama ini dapat menimbulkan berbagai penyakit pada udang.
PCR punya tingkat akurasi yang tinggi, bahkan bisa mendeteksi keberadaan patogen saat jumlahnya masih sangat sedikit di dalam tubuh udang.
Fungsi Utama Uji PCR dalam Budidaya Udang
Seperti yang disebutkan di atas, fungsi utama dari PCR adalah untuk mendeteksi adanya patogen yang masuk ke dalam tubuh udang meskipun belum ada gejala yang ditunjukkan.
Fungsi kedua adalah untuk memastikan benur tidak mempunyai penyakit bawaan atau yang dikenal dengan benur SPF (Specific Pathogen Free).
Fungsi ketiga adalah untuk menguji lingkungan budidaya, seperti air, sedimen maupun carrier (hewan pembawa patogen) dan memastikan tidak ada potensi kontaminasi di kemudian hari.
Manfaat Melakukan Uji PCR secara Berkala
Dengan melakukan uji PCR, petambak akan merasakan keuntungan jangka panjang, seperti:
1. Mencegah Kerugian
Penyakit dalam budidaya udang semuanya punya potensi menyebabkan kematian massal. Jika itu terjadi, maka petambak yang akan dirugikan. Dengan melakukan PCR, petambak bisa segera mengambil tindakan apabila ditemukan adanya patogen mematikan, baik itu melakukan isolasi atau panen dini demi mencegah kerugian lebih besar.
2. Mengidentifikasi Jenis Patogen secara Spesifik
PCR punya tingkat akurasi yang tinggi, sehingga bisa langsung mengetahui secara pasti penyakit yang menginfeksi udang. Begitu hasil PCR keluar, maka itulah yang sebenarnya terjadi, jadi tidak ada istilah menebak-nebak.
3. Membantu Pengambilan Keputusan yang Tepat
Setelah mengetahui penyakit yang diderita udang, maka hasil yang diberikan PCR bisa dijadikan acuan oleh petambak untuk mengambil keputusan secara tepat. Data ini akan membantu petambak untuk memberikan perlakuan guna menyelamatkan populasi udang, baik berupa penerapan probiotik khusus atau melakukan sterilisasi air.
Bagaimana Cara Kerja Uji PCR pada Udang?
Uji PCR dalam budidaya udang dilakukan secara bertahap, lebih tepatnya adalah empat tahapan.
1. Pengambilan Sampel
Langkah pertama ialah mengambil sampel dari bagian tubuh udang yang paling sering menjadi tempat hinggapnya patogen, contohnya pleopod (kaki renang), uropod (ekor), dan hepatopankreas.
2. Ekstraksi Materi Genetik (DNA/RNA)
Setelah jaringan diambil, selanjutnya akan dihancurkan dengan bahan kimia tertentu. Proses ini disebut dengan ekstraksi, tujuannya untuk memisahkan dan memurnikan DNA atau RNA patogen yang ada di sel-sel udang.
3. Amplifikasi (Penggandaan Target)
DNA atau RNA yang berhasil dimurnikan, selanjutnya dimasukkan ke dalam mesin Thermal Cycler. Mesin ini nantinya akan menggandakan segmen DNA target sampai jutaan kali lipat melalui proses pemanasan dan pendinginan yang ketat sampai benar-benar bisa dibaca oleh sensor.
4. Pembacaan Hasil (Visualisasi)
Pada proses pembacaan hasil, tergantung dengan teknologi PCR yang digunakan. Jika menggunakan teknologi Real-Time PCR (qPCR), maka jumlah patogen yang terkandung dalam tubuh udang akan langsung terdeteksi dan terlihat di monitor dalam bentuk grafik. Hasil yang ditunjukkan juga sangat mudah dipahami apakah udang negatif, positif ringan, atau positif akut terjangkit penyakit.
Baca Juga
Komentar