Cara Kerja Metode PCR untuk Identifikasi Virus pada Udang
- Redaktur: Audri Rianto
- 2 jam yang lalu
- 2 menit membaca
Penyakit dalam budidaya udang menjadi hal yang menakutkan bagi petambak. Sekali saja udang terinfeksi penyakit, maka untuk sembuhnya susah sekali.
Bahkan, beberapa penyakit bisa menjadi wabah yang gampang menular dan tak bisa disembuhkan. Akibatnya, demi meminimalisir kerugian, petambak mau tak mau harus melakukan panen dini.
Sumber: genics.com.au
Maka dari itu, mendeteksi keberadaan patogen terutama di dalam tubuh udang sangat penting dilakukan supaya tidak ada lagi drama panen dini akibat infeksi penyakit yang masif.
Untuk melakukan hal itu, petambak bisa mendeteksinya dengan metode PCR (Polymerase Chain Reaction). Tingkat keakuratan metode ini dalam mendeteksi patogen di dalam tubuh udang sangat tinggi, bahkan sebelum udang menunjukkan gejala klinis.
3 Tahapan Utama Cara Kerja PCR Udang
Ada tiga langkah utama yang membuat metode ini bisa mendeteksi keberadaan patogen dalam tubuh udang secara akurat.
1. Ekstraksi Materi Genetik (DNA/RNA)
Sebelum melakukan ekstraksi DNA, hal yang harus dilakukan terlebih dahulu adalah mengambil sampel organ udang yang biasanya rentan dihinggapi patogen, contohnya insang dan hepatopankreas.
Selanjutnya, jaringan yang telah diambil dihancurkan dan dicampur dengan cairan kimia untuk memisahkan DNA patogen dari jaringan tubuh udang.
2. Amplifikasi di Mesin Thermocycler
Jika DNA sudah didapat, maka hal yang harus dilakukan selanjutnya adalah memasukkan DNA tersebut ke dalam mesin Thermocycler. Mesin ini akan menggandakan DNA dengan cara menaikkan dan menurunkan suhu secara berulang. Penggandaan ini dilakukan sampai DNA yang ditargetkan benar-benar terduplikasi hingga jutaan kali.
3. Pembacaan Hasil Pengujian
Setelah melewati proses penggandaan DNA, maka langkah selanjutnya adalah pembacaan hasil. Di sinilah momen penentu apakah udang benar-benar sehat, bebas dari patogen atau malah positif terjangkit patogen.
Pembacaan hasil akhir ini sangat bergantung dengan jenis PCR yang digunakan petambak. Apakah PCR yang digunakan adalah PCR konvensional atau Real-time PCR, karena keduanya berbeda.
PCR Konvensional membutuhkan waktu sedikit lebih lama untuk menampilkan hasil, karena hasil penggandaan DNA tadi harus diteruskan ke proses elektroforesis gel terlebih dahulu. Jika terlihat ada pita DNA dengan ukurannya spesifik, maka itu positif terjangkit patogen.
Jika pengujian dilakukan dengan metode Realtime PCR (qPCR), maka tidak perlu lagi melakukan elektroforesis. Sebab, alat tersebut akan langsung menampilkan hasilnya dalam bentuk grafik di layar komputer.
Jenis Virus yang Dapat Dideteksi PCR
Teknologi ini ditujukan untuk mendeteksi keberadaan patogen, baik itu bakteri, virus, maupun parasit. Beberapa patogen yang bisa dideteksi dengan akurat oleh metode PCR adalah White Spot Syndrome Virus (WSSV), Infectious Myonecrosis Virus (IMNV), Syndrome Virus (TSV).
Virus-virus tersebut dikenal cukup mematikan dan bisa menimbulkan kerugian yang besar. Jadi, sebelum udang terinfeksi dan menunjukkan gejala, sebaiknya dilakukan PCR terlebih dahulu agar penyebarannya bisa dicegah dengan maksimal.
Baca Juga