Ditengah euforia produksi budidaya ikan yang meningkat, tanpa disadari beberapa dampak negatif dari kegiatan budidaya mulai bermunculan. Dan umumnya didominasi oleh dampak penggunaan pakan yang berlebihan, eksploitasi lahan untuk perluasan tambak tanpa disertai dengan kajian lingkungan secara komprehensif, hingga meningkatnya akumulasi residu obat (antibiotika) dan hormon dalam tubuh ikan. Namun kendala yang dihadapi budidaya juga berasal dari kegiatan industri dan pertambangan yang tidak ramah lingkungan sehingga mengganggu kualitas air perairan dan persepsi negatif masyarakat tentang produk budidaya yang dapat mempengaruhi genetik seseorang dengan isu Genetic modified organisms (GMOs) yang banyak diaplikasikan di beberapa spesies ikan budidaya, seperti ikan nila. Semua dampak dan ancaman ini membutuhkan sebuah solusi yang terintegrasi dengan peningkatan hasil produksi, dan itu hanya bisa dilakukan dengan penguasaan dan penerapan teknologi budidaya.
Berkaitan dengan teknologi, mungkin kita dapat belajar dari sebuah negara di Eropa dengan luas hampir sama dengan provinsi Jawa Barat : Belgia. Negara yang memegang rekor dunia tanpa pemerintahan ini berhasil memegang peranan penting dalam memajukan budidaya karena perhatian besar dari pemerintah untuk pengembangan Artemia, yang merupakan pakan hidup penting untuk kelangsungan hidup larva ikan dan udang. Ekspansi produk komersil Artemia hasil pengembangan teknologi di Belgia ini sudah merambah ke semua benua dan kita (Indonesia) termasuk negara dengan permintaan impor terbesar. Pertanyaan yang timbul kemudian adalah: Kok bisa?. Secara teori Artemia hanya hidup di lingkungan dengan salinitas tinggi atau di lingkungan tanpa ada predator sehingga mereka dapat tumbuh dan berkembang di lingkungan tersebut. Sumber alami Artemia ini pun salah satunya berada di Great Salt Lake, Utah, USA dan Belgia tidak punya lingkungan yang mendukung untuk pengembangan Artemia secara massal. Namun semua ini bukan menjadi alasan untuk tidak berperan aktif dalam pengembangan komoditas ini dan akhirnya terbukti bahwa dengan ketekunan yang tinggi, negara kecil ini berhasil menjadi pusat pengembangan komoditas Artemia.
Sangat miris jika kita bandingkan hal ini dengan realita yang ada di negeri tercinta. Kita dianugerahi sumber daya alam namun sangat sedikit dari kita yang berpikir untuk mengoptimalkan sumber daya tersebut menjadi sumberdaya yang dapat bermanfaat untuk kemaslahatan orang banyak. Dan ini diperparah dengan sistem birokrasi yang pada akhirnya mengendurkan semangat pengembangan teknologi. Hal-hal seperti ini harus segera diantisipasi kalau kita tidak ingin jumlah produksi perikanan budidaya semakin berkurang dan tertinggal dari negara lain.
Beberapa teknologi budidaya perikanan saat ini yang sedang digandrungi adalah Sistem resirkulasi (Recirculation Aquaculture System) dan pengendalian mikroba dalam usaha pencegahan penyakit ikan. Kedua sistem ini sudah sangat umum kita dengar, namun kalau mau jujur, sudah sampai mana tahapan yang kita lalui? Apakah sebagai sumber informasi atau hanya sebagai pengguna. Kita patut berbangga bahwa kita memiliki beberapa pakar yang mendalami kedua bidang ini, namun dukungan yang tidak optimal membuat pengembangan teknologi ini terkesan berjalan di tempat, dan akhirnya, kembali kita hanya puas sebagai pengguna.
Teknologi sistem resirkulasi sangat penting untuk terus dikembangkan dan diaplikasikan, mengingat kondisi kualitas perairan kita yang semakin terdegradasi. Seperti yang kita lihat di Kepulauan Riau, aktivitas industri dan pertambangan yang sudah melewati daya dukung lingkungan mengakibatkan banyaknya kematian ikan di beberapa sentra produksi budidaya. Beberapa daerah sudah menginstall teknologi ini, namun perlu dilakukan sistem pelatihan secara berkala dan riset yang lebih mengarah kepada optimalisasi kualitas air yang dihasilkan dan efisiensi nilai ekonomi untuk aplikasi teknologi ini.
Untuk pengendalian mikroba dalam lingkungan budidaya, pemahaman komunikasi antar bakteri (Quorum sensing) menjadi dasar untuk produksi beberapa bahan alami yang dapat menghambat komunikasi bakteri ini, yang biasa disebut dengan quorum quenching. Beberapa bahan alami seperti : Halogenated furanones yang diekstrak dari makro alga D.pulchra atau bahan alami seperti Cinnamaldehyde. Kedua bahan ini memiliki kemampuan untuk menghambat komunikasi antar bakteri. Teknologi ini dapat diterapkan untuk mengurangi pemggunaan antibiotika dalam sistem budidaya kita, karna seperti yang kita ketahui bersama bahwa penggunaan massal antibiotika yang tidak bertanggungjawab dapat mengakibatkan resistensi pada bakteri yang pada akhirnya tidakan pengobatan menjadi tidak efektif.
Teknologi lain yang dapat diaplikasikan dalam kegiatan pengendalian mikroba adalah aplikasi Poly-β-hydroxy butirate (PHB) yang dapat mengendalikan akumulasi jumlah bakteri di lingkungan budidaya. Poly-β-hydroxy butirate (PHB) yang saat ini sangat diharapkan untuk menjadi solusi pengendalian mikroba juga sedang dikembangkan oleh sebuah perusahaan komersil, yang sangat disayangkan bukan berada di Indonesia. Beberapa teknologi pencegahan juga dapat dilakukan, diantaranya adalah dengan penerapan probiotik dan immunostimulan. Dua tindakan prophylaxis terakhir ini bukanlah hal aneh lagi bagi pembudidaya dalam penerapan. Namun, pengembangan teknologi yang tepat untuk komoditas yang dikembangkan masih sangat diharapkan sehingga tidak terkesan seperti tumpang tindih aplikasi sebuah produk untuk banyak komoditas dan sistem budidaya.